Найважливішими науковими напрямками центру є:

• Автоматизація виробничих процесів приготування і роздачі корму для риби при різних методах вирощування (кормороздавачі - «Рефлекс», «ІКХ», «ІКФ» і т.д.);
• Розробка режимів оптимальної експлуатації рибних ресурсів прісноводних водойм з урахуванням їх еколого - типологічних особливостей;
• Науково-технічне забезпечення розвитку осетрівництва і виконання резолюцій Конвенції CITES;
• Розробка технологій і комплектів обладнання для вирощування раків заводським методом;
• Розробка, проектування і виготовлення технологічного обладнання інкубаційних цехів (інкубатори - «Амур», «Осетер», «ІМ-2", апарат обесклеіванія ікри «АОИ», басейни різних видів для витримування виробників і підрощування личинок);
• Виготовлення обладнання для перевезення риби (ізотермічні контейнери «КИ», «КЖР-1»);
• Розробка, проектування і виготовлення обладнання для аерації води в садках, басейнах, ставках («РГ-1», «малоенергоємних» і т.д.) і камишекосілок («КМА»);
• Створення обладнання для вилову, первинної обробки та переробки риби.